林毅夫教授治学十分勤奋，加之发展经济学和中国经济改革与发展问题涉及面十分广泛，所以林毅夫教授的研究领域比较广泛，形成了十分丰富的学术思想。不过，他的这些学术思想并非杂乱无章，而是"一以贯之"，建立在要素禀赋、政府的发展战略及其内生形成的政策制度基础之上，并以企业的自生能力为微观基础。
他十分强调制度的内生性，早在80年代后期，他就认为中国传统计划经济体制内生于重工业优先发展的赶超战略，而不是社会主义的本质特征，经济体制改革成功的前提是放弃推行带有赶超色彩的发展战略。传统的国有企业体制作为计划体制的一部分，也内生于赶超型发展战略。改革开放前，我国推行的资金密集型重工业优先发展战略是一种典型的赶超战略，这是中国传统经济体制形成的逻辑起点。扭曲价格的宏观政策环境、资源计划配置制度和没有自主权的微观经营机制则是相应于重工业优先发展战略而形成的内生变量。传统经济体制并没有实现赶超的使命，相反却导致改革开放前中国经济增长绩效不佳，人民生活水平长期得不到提高。中国经济改革采取了渐进式道路，改革以来中国经济得以迅速发展的关键在于改革三位一体的传统经济体制，逐步引入市场机制，使中国所具有的资源比较优势能够发挥出来。
他一直主张市场取向的改革，认为只有实行市场经济，理顺市场价格体系，形成比较充分的市场竞争环境和信息指标体系，才能为国有企业改革创造良好的外部条件，卸除国有企业背负的政策负担(包括社会保障负担和执行赶超战略的负担)，培育国有企业的自生能力，是国有企业改革取得成功的关键。他因此反对私有化才是国有企业改革成功的唯一出路的主张，认为如果国有企业不具备自身能力，那么，即使私有化也无法实现国有企业改革的成功。改革和发展中的许多问题都根源于国有企业缺乏自生能力。中国渐进式改革的成功和前苏联东欧休克疗法改革的失败，证明了林毅夫教授关于企业自生能力和预算软约束问题的论断。对企业自生能力的忽视正是主流经济学理论难于对改革和发展问题产生现实指导意义的原因。主流经济理论是建立在企业具有自生能力的暗含假设上的，而发展中国家和转型中国家的实际情况却是，广泛流行的赶超意识造就了许多没有自生能力的企业，因此，在解决改革和发展的问题上，主流的经济学常常显得苍白无力。
在深入研究中国和东亚地区经济发展问题的基础上，林毅夫教授总结了世界各国经济发展的经验教训，提出了自己独特的发展经济学理论假说。他认为，第二次世界大战以后，大多数欠发达国家并没有能够从与发达国家的产业和技术差距中受益，也没有在收入上收敛到发达国家的水平，是因为它们选择了错误的发展战略。欠发达国家有很强的诱因想尽可能快地缩小与发达国家的产业和技术差距。然而，要素禀赋水平决定了欠发达国家没有发展资本密集型产业和技术所必需的比较优势，如果它们进入或选择资本密集型产业和技术，则它们的企业在一个开放的、自由的和竞争性的市场中将没有自生能力。为了优先发展没有比较优势的产业和技术，欠发达国家政府常常选择违背比较优势的战略，通过对利率、汇率和其他价格的一系列扭曲给不具备自生能力的企业提供政策支持，并且使用行政手段将价格受到扭曲的资源直接配置给要优先发展的产业中的企业。使用上述政策手段，欠发达国家可以建立起在尖端产业采用先进技术的企业，但是该产业和技术选择并不符合该经济的比较优势。然而，金融市场发育将受到压抑，对外贸易发展受阻，寻租活动猖獗，宏观经济不稳定，收入分配不平等，国民经济将十分没有竞争力，国家将不能在收入方面收敛于发达国家。一个国家的产业和技术结构内生决定于其要素禀赋结构，一个国家的发展政策应该以提高要素禀赋结构的水平为目标，而要达到此目标必须创造一个政策环境鼓励企业按照现有的要素禀赋结构决定的比较优势来选择产业、产品和技术，这样的政策环境包括维持良好运转的产品和要素市场，使得市场价格能够正确反映产品和要素的稀缺程度和供求关系，引导企业和个人发现和利用要素禀赋结构所决定的比较优势。
针对我国的金融体制改革问题，林毅夫教授指出，金融体系的基本功能在于动员资金和配置资金，资金动员的能力其实决定于配置的效率。一个金融体系的效率决定于其资金配置的效率，而所谓有效的配置是将动员起来的资金配置给资金回报率最高的产业中最有效率的企业。由于发展阶段不同，要素禀赋结构不一样，最有效率的产业、最有效率的企业的特性也不同，因此，对直接融资和间接融资的要求会随着发展阶段而不一样。许多发展中国家的金融危机是因为它们忽视了有效的金融结构的内生性，一味以为越大的银行和越发达的资本市场就是越好的金融安排的结果。在包括中国这样的欠发达国家，劳动力相对丰裕，资本相对稀缺的要素禀赋结构决定了最具比较优势的产业是劳动密集型产业，最具自生能力的企业是劳动密集型的中小企业。与这种产业和企业结构相对应的金融结构应该是以主要面向中小企业的中小银行为主体的间接融资占主导地位的现代金融体系。
林毅夫教授认为，上述金融体制格局的形成主要是由交易费用和信息成本决定的。劳动密集型的中小企业需要的资金不多，而且分散在各地，大银行等大金融机构获取其经营和信用状况的成本很高，因此，中小企业难以得到大银行的资金支持。即使想用间接融资，也因为规模小，承担不起股票、债券的发行费用，更不易取得公开发行上市的资格，因此中小企业一般不依赖间接融资。大银行天生喜欢为大企业服务，因为无论银行贷款的数额大小，一笔交易的信息费用和其它成本相差无几，大企业资金需求量大，银行发放一笔大额贷款所需花费的平均成本比小额贷款低许多。中小银行因为资金规模小，无力经营大的项目，只好以中小企业为主要服务对象。而且，中小银行与中小企业一样，分散在各地，对当地的中小企业资信和经营情况比较了解，信息费用不高，因而中小银行也愿意为中小企业服务。
中国是个农业大国，农业、农村和农民问题始终是我国改革和发展中的根本性问题，林毅夫教授正是从研究农业问题入手，走上经济学研究之路的。关于中国农业问题，他始终坚持推行市场取向的改革。80年代后期当中国农业发展陷入徘徊状态时，一些人开始怀疑家庭联产承包责任制改革是否合适，鼓吹重新实行集体耕作制度。林毅夫教授通过一系列经验研究从理论上否定了这些看法。他将团队监督理论引入农业经济学，指出包括人民公社体制在内的农业集体耕作制度之所以不成功，根本原因在于无法解决农业劳动的监督问题，这是由农业生产的时间和空间特点决定的。他对我国1959-1961年农业大危机的研究享誉国内外。通过严格的计量分析，林毅夫教授雄辩地证明了家庭联产承包责任制改革才是1979-1984年中国农业大发展的主要源泉。对于农业、农村和农民问题，他一贯主张深化农村市场化改革，减少各级政府组织对包括粮食在内的农业生产经营活动的行政干预，认为这才是解决问题的釜底抽薪之举。他主张通过实施以加快农村基础设施建设为主要内容的"新农村运动"解决我国的通货紧缩问题，加快农村社会经济发展。
林毅夫教授的制度经济学研究在国际经济学界享有盛誉。主流经济学将制度和技术设定为既定的前提而不加专门研究。新制度经济学的成功之处就在于将制度的变迁作为经济体系的内生变量加以研究。然而，新制度经济学是经济学中的一门新兴分支，本身并不成熟，特别是对理论假说缺乏严格的经验检验。林毅夫教授的研究恰恰以实证为特色，弥补了新制度经济学的一大缺陷。他区分了强制性制度变迁和诱致性制度变迁。他将制度经济学的一些理论假说推广运用到分析中国非市场的制度环境中去，从而扩大了理论的适用范围，并根据中国的经验对原有理论假说加以检验和修正。他认为经济发展的过程也是技术变迁的过程，对诱致性技术变迁学说中的两大理论假说，即市场需求诱致性假说和资源禀赋变动诱致性假说，进行了深入研究，并利用中国农业技术创新实践分别对之进行了经验检定，取得了丰硕的成果。
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（胡书东 整理）
